Perjalanan panjang Kantor Imigrasi Yogyakarta berawal dari sejarah keimigrasian di Indonesia. Pada tahun 1913, pemerintah Hindia Belanda membentuk Sekretaris Komisi Imigrasi, yang kemudian berkembang menjadi Immigratie Dienst pada tahun 1921. Lembaga ini menjadi cikal bakal pelayanan lalu lintas orang antarnegara di Nusantara.

Menjawab kebutuhan setelah kemerdekaan, pada 1 April 1974 didirikan Kantor Imigrasi Yogyakarta di Jl. Solo Km. 10, Sleman, di atas tanah seluas ±2.329 m² dengan status awal Kantor Imigrasi Kelas II. Seiring meningkatnya mobilitas internasional di Yogyakarta, statusnya naik menjadi Kantor Imigrasi Kelas I, hingga akhirnya ditetapkan sebagai Kantor Imigrasi Kelas I TPI Yogyakarta, dengan kewenangan pemeriksaan di pintu masuk internasional.

Untuk semakin mendekatkan pelayanan, dibuka pula beberapa Unit Layanan Paspor (ULP) dan Unit Kerja Keimigrasian (UKK) di titik-titik strategis, di antaranya: ULP Bantul (DPMPTSP Bantul), ULP Lippo Plaza Yogyakarta, UKK UGM, UKK Kulon Progo, serta layanan di Mal Pelayanan Publik (MPP) Kota Yogyakarta. Kehadiran unit-unit ini memudahkan masyarakat mengurus paspor tanpa harus datang ke kantor pusat.

Kini, di tahun 2025, Kantor Imigrasi Kelas I TPI Yogyakarta tidak hanya menjadi tempat pembuatan paspor, tetapi juga berperan menjaga kedaulatan negara, mengawasi keberadaan orang asing, serta memberikan layanan modern dan humanis kepada masyarakat.