Perjalanan Kantor Imigrasi Kelas I TPI Yogyakarta tidak dapat dipisahkan dari sejarah perkembangan keimigrasian di Indonesia. Cikal bakal penyelenggaraan keimigrasian dimulai pada masa pemerintahan Hindia Belanda dengan dibentuknya Sekretaris Komisi Imigrasi pada tahun 1913. Lembaga tersebut kemudian berkembang menjadi Immigratie Dienst pada tahun 1921 yang bertugas mengatur pelayanan keimigrasian serta pengawasan lalu lintas orang antarnegara di wilayah Nusantara.
Seiring perkembangan penyelenggaraan pemerintahan setelah Indonesia merdeka, pemerintah membentuk Kantor Imigrasi sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) Direktorat Jenderal Imigrasi yang bertugas menyelenggarakan pelayanan, penegakan hukum, pengawasan keimigrasian, serta pemeriksaan lalu lintas orang pada wilayah kerjanya masing-masing.
Di Daerah Istimewa Yogyakarta, Kantor Imigrasi Yogyakarta diresmikan pada 1 April 1974 oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Kehakiman dan Hak Asasi Manusia. Kantor ini berlokasi di Jl. Solo Km. 10, Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta, berdiri di atas lahan seluas ±2.329 m², dan pada awal pendiriannya melayani kebutuhan keimigrasian masyarakat Yogyakarta dan sekitarnya.
Berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman Republik Indonesia Nomor M.03-PR.07.04 Tahun 1991 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Imigrasi di Lingkungan Kantor Wilayah Departemen Kehakiman dan Hak Asasi Manusia, kantor ini ditetapkan dengan nama Kantor Imigrasi Kelas II Yogyakarta.
Meningkatnya mobilitas masyarakat serta kebutuhan pelayanan keimigrasian di Daerah Istimewa Yogyakarta mendorong peningkatan status kantor. Melalui Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor M.05.PR.07.04 Tahun 2004 tanggal 19 Agustus 2004, statusnya resmi meningkat menjadi Kantor Imigrasi Kelas I Yogyakarta. Pada masa tersebut, kantor ini memiliki satu Tempat Pemeriksaan Imigrasi (TPI), yaitu TPI Bandar Udara Adisutjipto.
Perkembangan organisasi kembali terjadi dengan diterbitkannya Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor 19 Tahun 2018, yang menetapkan perubahan nomenklatur menjadi Kantor Imigrasi Kelas I TPI Yogyakarta. Sejalan dengan beroperasinya Bandar Udara Internasional Yogyakarta, kewenangan pemeriksaan keimigrasian dilaksanakan di Tempat Pemeriksaan Imigrasi Bandar Udara Yogyakarta International Airport (YIA) di Kabupaten Kulon Progo sebagai pintu masuk dan keluar wilayah Indonesia.
Dalam upaya meningkatkan kualitas dan kemudahan pelayanan kepada masyarakat, Kantor Imigrasi Kelas I TPI Yogyakarta terus mengembangkan jaringan layanan melalui berbagai titik pelayanan strategis. Saat ini pelayanan keimigrasian tidak hanya tersedia di kantor utama, tetapi juga melalui Unit Kerja Keimigrasian (UKK) Universitas Gadjah Mada (UGM), Mal Pelayanan Publik (MPP) Kota Yogyakarta, Mal Pelayanan Publik (MPP) Kabupaten Sleman, serta Immigration Lounge Sleman City Hall. Kehadiran unit-unit layanan tersebut memberikan kemudahan bagi masyarakat dalam mengakses layanan paspor dan layanan keimigrasian lainnya dengan lokasi yang lebih dekat, nyaman, dan mudah dijangkau.
Kantor Imigrasi Kelas I TPI Yogyakarta tidak hanya berperan sebagai penyelenggara layanan paspor, tetapi juga memiliki fungsi strategis dalam menjaga kedaulatan negara melalui pengawasan keimigrasian, pemeriksaan lalu lintas orang di Tempat Pemeriksaan Imigrasi, penegakan hukum keimigrasian, serta perlindungan terhadap keamanan nasional. Dengan dukungan transformasi digital, inovasi pelayanan, serta komitmen untuk mewujudkan pelayanan yang profesional, akuntabel, modern, dan humanis, Kantor Imigrasi Kelas I TPI Yogyakarta terus berupaya menghadirkan layanan keimigrasian yang semakin mudah, cepat, dan berkualitas bagi seluruh masyarakat.